Devido ao subsolo com grande teor de calcário, Iraquara possui o maior acervo espeleológico da América do Sul, com a maior concentração de cavernas da Chapada Diamantina. A Lapa Doce é uma das maiores do Brasil, com mais de 40 km mapeados. A Pratinha também se destaca no roteiro turístico. Por todo o seu patrimônio natural, parte do território do município está protegido pela Área de Proteção Ambiental (APA) Marimbus-Iraquara, situada nos limites do Parque Nacional da Chapada Diamantina.